Vào thời Minh Trị Duy Tân, với việc bãi bỏ chế độ Võ sĩ khiến các Ninja rơi vào tình trạng buộc phải hoạt động ngầm trong bí mật tuyệt đối. Đến thời hiện đại, có một hậu duệ gia tộc Ninja đã kế thừa những kỹ năng Ninja của cha ông để lập ra công ty vệ sĩ dành riêng cho những người giàu có và thế lực. Kirio Mikage là con gái của Giám đốc điều hành Cty "Shadow Village", một công ty vệ sĩ tư nhân. Khi đã bắt đầu nhận thức, cô được được cha đào tạo triệt để cả về thể chất lẫn tinh thần như là một Ninja thực thụ."Hãy là một cái bóng". Năm 10 tuổi, cô được đưa đến nhà Jame G Rod để thực tập, Rod luôn xem cô như đứa con gái đã mất của mình, ông thiết tha muốn gúp Mikage thoát khỏi cuộc sống Ninja đầy khắc nghiệt nhưng đâu biết cái giá phải trả cho sự tự do của một Ninja chính là cái chết. Rod đã dùng một khoản tiền lớn để chuộc lấy sự tự do cho Mikage, với mong muốn được cùng Mikage đến sống ở một đất nước hòa bình có tên là Nhật Bản - quê hương người vợ quá cố của ông, nhưng giấc mơ ngọt ngào không bao giờ là hiện thực ấy càng làm Mikage càng quyết tâm đến Nhật. Shuriken to Pleats là câu chuyện về cuộc sống của nữ Ninja Mikage muốn hòa mình vào cuộc sống nữ sinh trung học bình thường.